Một nhóm Ninja bí ẩn được gọi là Sora-Nin từ Sky Country thực hiện một cuộc tấn công bất ngờ trên Konoha. Điều này là do Konoha gần như phá hủy đất nước bầu trời trong Chiến tranh thế giới Shinobi cuối cùng, nhưng họ đã sống sót và bây giờ họ sau Konoha và nước cứu hỏa để trả thù.